Das Forschungsinstitut Kinderkrebs-Zentrum Hamburg wird in der Rechtsform einer gemeinnützigen GmbH betrieben, deren alleiniger Gesellschafter die Fördergemeinschaft Kinderkrebs-Zentrum Hamburg e.V. ist.
Das Forschungsinstitut finanziert sich aus Spendengeldern und Fördermitteln öffentlicher und privater Drittmittelgeber. Auch Kooperationsprojekte mit Industrieunternehmen werden am Institut umgesetzt.
Mit der Finanzierung der Stiftungsprofessur und zweckgebundenen Rücklagen sichert die Fördergemeinschaft Kinderkrebs-Zentrum Hamburg den Betrieb des Forschungsinstituts langfristig.